商贸公司销售农产品的税率需要根据商贸公司的性质来确认，如果企业是小规模纳税人，则其对应的税率为3%，现阶段执行1%的税率，如果企业是一般纳税人，则其对应的税率为9%。其购进时的进项可以进行抵扣。