现阶段，企业员工的个税汇算清缴需要先由员工个人在自然人申报管理系统上线注册，认证过后，才可以进行。如果企业需要帮员工做汇算清缴的，由员工提供对应的账户及个税相关资料给企业，然后企业财务人员协助处理。公司只是协助个人办理汇算清缴，其主体责任人仍然是个人，所以一般不会对企业进行处罚。