在处理注销补缴税款的过程中，通常会利用期末留抵税额进行抵扣。根据国家税务总局发布的《关于增值税一般纳税人用进项留抵税额抵减增值税欠税问题的通知》（国税发〔2004〕112号）的规定，当纳税人的销项税额低于进项税额时，会产生期末留抵税额。在这种情况下，应允许纳税人使用其期末留抵税额来抵减所欠缴的增值税税款。