个税作废申报是将依据申报的的数据作废，作废以后系统中不再有申报的数据，需要申报的时候，要重新填数。而更正申报则是对已经申报的数据进行部分的更正，另外作废申报只能在汇算清缴前进行，而更正申报可以在任何时候进行。