北京二套房住房公积金贷款利率是在首套房的利率的基准上执行1.1倍的利率，即五年期以下(含五年)为3.025%，五年期以上为3.575%。北京购买首套房住房公积金贷款利率为五年期以下(含五年)为2.75%，五年期以上为3.25%。

另外由于对北京二套房的控制购买，现在实行的北京市二套房公积金贷款更是要求70%的首付款。所以在北京买二套房需要的资金会更多。