是不是可以申请退税需要根据实际情况来确认，如果该自然人平时申报的时候有缴纳个人所得税，在进行个税汇算清缴时，有专项扣除进行补充计入，导致最终核算应该缴纳的金额小于实际缴纳的金额，则可以退税，如果大于实际缴纳的金额，则应该补税。