自然人在公司上班，按月取得的工资，计入自然人的综合所得，缴纳个人所得税，而该自然人作为个体工商户的企业主，则需要按实际取得收入核定缴纳个体工商户生产经营所得，或者按利润计算缴纳个体工商户生产经营所得，这两类个税是相互独立，分别缴纳的。